荧光差异凝胶电泳技术基本实验线路是电泳前以Cy2、Cy3 和Cy5三种荧光染料分别标记蛋白质样品(其中包括一个蛋白质内标)。然后将标记好的蛋白质样品混合，在同一块胶上进行双向电泳。电泳结果分别用3种不同的激发波长得到不同颜色的荧光信号，根据这些信号的比例来判定样品之间蛋白质的差异，并且专用软件可全自动根据每个蛋白点的内标对其表达量进行校准，保证所检测到的蛋白丰度变化是真实的。

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代谢组学的研究一方面可以发掘一些新的分子标志物，另一方面通过与蛋白质组学、基因组学数据的联动分析，可以从原因和结果两方面分析生物体的内在变化，将系统生物学的研究推向更高发展水平。

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随着人类基因组计划的完成，越来越多的基因被发现，其中多数基因功能不明。利用表达系统在哺乳动物细胞内表达目的基因是研究基因功能及其相互作用的重要手段。

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