生物标志物在疾病早筛、疗效评估和精准医疗中发挥着关键作用。然而，如何在复杂的生物样本中系统、准确地识别差异蛋白？Bottom-Up蛋白质组学，凭借其高通量、定量精确和覆盖广泛的特点，已成为生物标志物发现的核心工具之一。

一、什么是Bottom-Up蛋白质组学？

Bottom-Up蛋白质组学是一种通过蛋白酶（如胰蛋白酶）将复杂蛋白质样本酶解为肽段，并利用质谱（MS）对肽段进行鉴定与定量的分析策略。

技术流程核心步骤：

1、蛋白提取与定量

2、胰蛋白酶酶解

3、LC-MS/MS分离与分析

4、数据分析与蛋白质重建

相比Top-Down和Middle-Down策略，Bottom-Up方案具有通量高、兼容性好、数据库匹配效率高等优势，尤其适合用于临床样本中低丰度差异蛋白的系统筛选。

二、Bottom-Up蛋白质组学在生物标志物发现中的优势

1、高通量鉴定能力

结合高分辨质谱和多维分离策略（如DDA、DIA、iTRAQ、TMT），Bottom-Up技术可实现对上千种蛋白的并行定量，为差异蛋白筛选提供坚实基础，显著提升标志物筛选效率。

2、灵敏度与动态范围兼顾

现代Orbitrap或TripleTOF平台配合高灵敏前处理方案，可检测pg级别的低丰度蛋白，涵盖10^5数量级的动态范围，有效覆盖疾病相关标志物表达谱。

3、多样本比较的标准化流程

Bottom-Up策略天然适合大队列分析，配合iTRAQ/TMT等标记策略，可精准比较多组样本中的蛋白表达差异，为生物标志物的统计学筛选提供稳固基础。该方法特别适用于大规模临床样本分析，如癌症患者与正常对照之间的差异蛋白分析，或不同治疗方案下的动态蛋白变化监测。

4、与多组学数据整合性强

Bottom-Up数据可与转录组、代谢组信息深度整合，从多个层面交叉验证潜在生物标志物，提升研究结果的可靠性和临床转化潜力。通过GO、KEGG等数据库注释与富集分析，可从蛋白组层面深入理解疾病的分子机制。

三、Bottom-Up蛋白质组学在生物标志物发现中的应用

Bottom-Up蛋白质组学已广泛应用于多种类型的生物标志物研究，包括：

1、癌症标志物筛选：通过血清、组织或外泌体样本中差异蛋白的定量分析，识别用于早期诊断或疗效预测的关键蛋白；

2、神经退行性疾病研究：例如在阿尔茨海默病中揭示与炎症和神经变性相关的蛋白表达变化；

3、心血管疾病预警：从患者血浆或心肌组织中发现与心肌损伤或动脉粥样硬化进程相关的新型蛋白标志物；

4、感染性疾病的免疫应答监测：分析不同阶段感染者体内的免疫相关蛋白表达变化，用于病情分级与康复预测；

5、个体化用药反应预测：结合蛋白组数据揭示不同患者对药物反应的生物学基础，推进精准治疗策略实施。

百泰派克生物科技通过优化酶解流程、引入多平台质控体系，并整合自研分析平台BioComp™，全面提升Bottom-Up蛋白组学数据的质量和解读深度。百泰派克生物科技构建了完善的Bottom-Up蛋白质组学服务体系，提供：

• 高重复性的数据采集流程
• 灵敏且稳定的定量方案（DIA、TMT、PRM等）
• 从样本处理到生信分析的一站式解决方案
• 针对区域研究场景的定制化分析策略（如临床队列、生物样本库分析等）

Bottom-Up蛋白质组学以其高通量、可扩展、平台兼容性强的特点，正成为生物标志物发现的主力技术。随着质谱平台的不断升级及AI算法的加持，其在疾病早筛、精准分类与疗效预测等方向的应用潜力将进一步释放。百泰派克生物科技专注于蛋白组、代谢组和多组学整合解决方案，致力于以专业技术赋能生物标志物研究，助力科学家从发现走向临床。欢迎联系我们，获取个性化实验设计与合作方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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