在蛋白质组学和代谢组学等多组学研究领域，定量分析始终是解读生物学差异的核心。随着质谱技术的飞速发展，无标签分析（Label-Free Quantification, LFQ）因其高通量、低成本、流程简洁等优势，正逐渐成为科研人员进行定量蛋白质组分析的首选方案。无标签分析是指在不借助稳定同位素或化学标签的前提下，直接通过质谱检测信号的变化实现生物样本中蛋白质或代谢物丰度的相对定量。相比于TMT（Tandem Mass Tag）、iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantification）等有标签技术，LFQ方法省去了复杂且昂贵的标记步骤。

一、无标签分析核心原理

无标签定量通常依赖两个维度的信号：

1、色谱峰面积或峰强度（MS1 Level）

基于蛋白质/肽段的离子在一级质谱图中的保留时间与强度，测定其在不同样本中的相对丰度。

2、谱图计数（Spectral Counting）

统计某一蛋白在不同样本中被碎裂产生的MS/MS谱图数目，间接反映其丰度。

二、无标签分析的主要方法

无标签分析目前有两大主流策略，分别适用于不同研究目的：

1、基于峰面积的定量（Intensity-Based LFQ）

这是目前主流的无标签定量方法，核心流程包括：

（1）对样本进行标准化蛋白提取与酶解

（2）通过高分辨率LC-MS/MS平台进行分析

（3）使用软件（如MaxQuant）对保留时间、m/z等特征对齐

（4）提取肽段的色谱峰面积，实现相对定量

该方法灵敏度高，定量范围广，适合用于发现微小表达变化的蛋白质。

2、基于谱图计数的定量（Spectral Counting）

该方法假设蛋白质丰度越高，其对应的肽段被碎裂检测到的MS/MS谱图数量越多，常用于数据依赖采集（DDA）模式下的粗略定量。虽然在灵敏度和精度上略逊一筹，但谱图计数法简单易实现，适合初步筛选差异蛋白。

三、无标签分析的优势与局限

优势一：实验流程简洁，无需标记

无标签分析无需额外的同位素或化学标记，简化了前处理流程，避免标签效率差异引起的系统误差。

优势二：适用性强，样本类型广泛

无标签方法不依赖标签的兼容性，可广泛应用于组织、细胞、血清、尿液、脑脊液等各类样本，特别适合复杂临床样本研究。

优势三：通量灵活，成本可控

不同于TMT等有plex限制的标签法，LFQ理论上支持任意数量样本的定量比较，特别适合多组分、多重复的研究设计，且实验成本更低。

局限一：对质谱稳定性要求高

由于每个样本需独立上机检测，无标签分析对LC-MS系统的稳定性和重复性要求较高，稍有波动可能影响数据一致性。

局限二：批间差异难避免

不同批次分析产生的仪器漂移或样本处理差异，会引入批间偏差，需通过标准化算法校正。

局限三：数据处理复杂度较高

为实现精准定量，需在分析流程中引入保留时间对齐、归一化、缺失值填补等复杂步骤，对数据分析工具和人员要求较高。

四、应用场景：无标签分析能做什么？

无标签分析已广泛应用于生命科学的多个前沿领域：

1、疾病机制研究：分析疾病组与对照组之间蛋白表达变化，寻找关键调控分子和潜在治疗靶点。

2、 生物标志物筛选：结合临床样本进行差异蛋白分析，辅助开发早期诊断或预后评估指标。

3、药效评价与作用机制研究：观察药物干预前后细胞或动物模型中蛋白组的动态变化，揭示药物机制。

4、植物抗逆机制研究：探索植物在干旱、盐碱、病虫害等胁迫下的蛋白组响应机制。

五、无标签分析常见问题答疑

Q1：无标签方法能否做绝对定量？

LFQ本质是相对定量，但结合内标蛋白或外加标准曲线，可实现半绝对或绝对定量需求。

Q2：数据丢失严重怎么办？

通过数据缺失建模和归一化算法（如MaxLFQ、MinProb等）可有效填补缺失，提高数据可用性。

Q3：样本间批次差如何控制？

我们采用标准品混标策略 + 批次校正算法，显著降低批次效应影响，保证数据一致性。

如果您希望在保证定量准确性的同时，降低实验成本、简化流程、提高样本处理通量，那么无标签蛋白质组学无疑是最优选择。通过引入高分辨率质谱、优化样本处理流程、配套高质量生物信息分析，百泰派克生物科技的无标签定量服务，正在帮助众多科研团队快速获取可靠蛋白组数据，加速科研发现与成果转化。欢迎联系百泰派克生物科技，获取无标签蛋白质组分析技术方案与免费预研评估。我们愿成为您在科研道路上的专业支持伙伴！

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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